在游戏故事一开始，主角山姆费舍尔（Sam Fisher）原本已经从谍报生涯退休，隐居于地中海地区，但是因为老友安娜陷入危机，使得山姆不顾自身安危，从隐居生活再次回到国家安全局第3梯队（NSA Third Echelon），却发现组织已经变质，而且还发现某个阴谋甚至牵扯到他以前所曾经信赖的人。基于理念，山姆费舍尔选择与组织对抗，使得原NSA顶尖情报员的他，一夕之间成为全面通缉的逃犯。